Gammy, я постоянно пользуюсь рабочим столом для размещения временных файлов, с которыми работаю.
Однажды мы тоже переустановили Windows и пропала папка с документами. Я очень растроилась, а потом ее все же нашла.
Все файлы и папки с рабочего стола лежат обычно по этому пути:
диск С (или тот диск, где установлен виндоус)/Documents and Settings/одна из папок в этом подкаталоге, у нас называется по заставке/Рабочий стол
Мы не раз уже переустанавливали windows XP, все с рабочего стола исчезает, но в самой папке "рабочий стол" остается.
И все новые папки, которые я завожу на рабочем столе - автоматически дублируются в папку "Рабочий стол".

У вас они точно пропали?