Думаю, что надо отвечать по ходу возникновения вопросов.
Например, моему сыну сейчас 5,5 лет, он знает, что родила его мама (без анатомических подробностей), помогал маме врач. Он был в животе у мамы, когда подрос, стал толкаться, чтобы его выпустили наружу. Мама поехала в больницу, а вернулась уже с ним. В животе он вырос из эмбриончика, а эмбриончик состоит из клеточек (опять же не уточняется как получился эмбриончик, каким образом он очутился в животе). Но я говорила, что без папы он бы не появился. Пока на данный момент это достаточно для ребенка, т.е. без лишних подробностей, но тем не менее суть процесса ясна. Дальше по мере возникновения вопросов будет уточнять. Я делаю, например так - более подробно останавливаюсь на тех моментах, которые можно разъяснить, например, на делении клеток эмбриона, на том, что потом у мбриона появляются ушки, глазки, ручки, ножки и т.д.