JJane, если верить Вике, то разница в количестве сульфатных групп:
  • Каппа: сильные, твердые гели.(одна сульфатная группа на две молекулы галактозы). Производятся из Kappaphycus cottonii,
  • Йота: мягкие гели(две сульфатные группы на две молекулы галактозы). Производятся из Eucheuma spinosum,
  • Лямбда: формируют гели в смеси с белками, а не водой; используются для утолщения молочных продуктов (три сульфатные группы на две молекулы галактозы). Наиболее частый источник — водоросли Gigartina из Южной Европы.
Большее количество сульфатных эфиров понижает темепературу растворения каррагинана и приводит к более мягким гелям или препятствует образованию гелей (лямбда-каррагинан).
Все классы каррагинана растворимы в горячей воде, но в холодной воде растворим только класс лямбда и соли натрия других классов.

То есть получается, что каппа дает более жёсткий гель и требует более высокой температуры воды для растворения. Гель, получаемый с помощью йотты, должен получаться более мягким, текучим и температура воды может быть немного поменьше (хотя и не холодной).