Я не знаю о каком именно рецепте вы говорите, но когда я что-либо пытаюсь сделать с баклажанами в духовке, то если они предполагают быть нарезанными крупными кусками (или вообще целиком), то я их чуток отвариваю.
В остальных случаях прям сырыми в духовку сую.