На мой взгляд, маффины - это, просто, "маленький кекс" по-англо/американски. Потому что маффинами называют очень разные мини-кексики: с маслом и без масла (т.е. начинки бывают очень богатые ), с начинкой и похожие на хлеб...
Единственное отличие от кекса, которое всегда соблюдается - это размер.