Я не знаю, куда направляются деньги, оставленные в церкви. Но судя по богатому убранству многих храмов, большая часть, наверно, на поддержание оного(только имхо, никого не разоблачаю и не подозреваю). Но опять же, повторюсь, каждый волен поступать, как чувствует. Самое лучшее, мне кажется, адресная помощь, не столько деньгами, сколько предоставлением необходимого, одежды, питания и т.д..