Я думаю, что просто плохо перемешали. А если остужать при перемешивании, то вообще должно все равномерно смешаться. Видимо плотность у масел значительно различается, вот и одно осело на дно и там благополучно застыло. Или какао мало положили. В общем если смесь без эмульгаторов и воды, то никто не мешает еще раз нагреть и перемешать получше.