Не бактерии, но если причиной являются какие-то загрязнения, то фильтрование помогает их устранить. Так же в результате деятельности бактерий в гидролате может образоваться что-то вроде осадка (не всегда заметного) который тоже желательно отфильтровать.
Я так поняла, что хоть такое изменение уровня рН и свидетельствует о наличии бактерий, это не означает что его сразу можно выливать, но ограничивает применение - внутрь и для промывания глаз, ран, ожогов использовать такие гидролаты уже не стоит